Örgütlerde cereyan eden çeşitli türdeki çatışmaların nedenleri de oldukça fazla ve çeşitlidir. Bu nedenleri şu şekilde sıralamak mümkündür: İşbölümü: Örgütte işbölümü “toplu çabayı gerektiren bir işin çeşitli bireyler tarafından yürütülebilecek biçimde, ussal olarak ögelerine ayrılması” olarak tanımlanabilir. Örgütlerdeki işbölümü arttıkça bölüm ve birimler arası ilişkileri dengeleştirmek, çeşitli gelişmeler, örgütlerdeki işbölümünün ve örgütsel etkinliklerin karmaşıklaşmasına ve bunun gereği olarak da çeşitli rol farklılıklarına yol açmaktadır. Karşılıklı bağımlılık: Örgütlerde birimlerin üretimi diğerlerinin üretimine bağlıdır. Bir birimin çıktısı diğer birimin girdisini oluşturur. Bu da bir çatışmayı doğurabilir. Bu tür çatışma iyi bir plânlama ve bağımlılığın karşılıklı olduğunun açıklanması gibi önlemlerle giderilebilir. Sınırlı kaynakların paylaşılması: Örgütte kaynakların sınırlı olması ve bunların paylaşılması çatışmalara neden olur. Her birim kendi kaynağını arttırmak ister. Bu çatışmanın giderilmesinin yolu da yöneticinin plânlama becerisinden geçer. Sınırlı kaynakların akılcı ve işlevsel dağılımı gereklidir. Ortak karar vermek: Örgütteki kıt kaynaklar ve etkinliklerin zamanlaması, birimler arası karşılıklı bağımlılık doğurmaktadır. Ortak kararın verilmesi de çatışmaya neden olur. Kaynaklar arttırıldıkça ortak karar verme ihtiyacı da azalır. Örgütler geliştikçe ortak karar verme zorunluğu da artmaktadır. Bu nedenle ortaya çıkacak çatışmaların önlenmesi, karar verme becerisinin gelişmesi ile mümkündür. Amaç farklılıkları: Örgütlerde çatışma ihtimalini arttıran bir diğer durum da kişiler ve grupların amaçlarındaki farklılıklardır. Bu amaç farklılıkları çok değişik şekillerde görülebilir. Bireysel amaçlarda farklılık olabileceği gibi uzmanlaşmanın sonucunda birimler arası amaç farklılıkları da görülebilir. Algılama farklılıkları: Kişi veya grupların olayları farklı algılamaları çatışmalara neden olabilir. Bu algılama farklılıkları, amaçlarda, değer yargılarında, veri ve bilgilerde, yöneticilerin görüş ve uygulamalarını algılamada olabilir. Uzmanlaşma: örgütlerde görülen çatışmaların en yaygın olanı uzmanlaşmanın yol açtığı çatışmalardır. Uzmanlaşmanın artması yeni uzmanlık alanlarının ve uzmanların görev almasına yol açmaktadır. Uzmanlık ve bürokratik roller çoğu zaman çatışır. Uzmanlaşmanın yol açtığı çatışmalar dört grupta incelenebilir.